Прошлый сезон закончился якобы убийством Малдера, но тот выстрелил раньше оппонента. Это дало новый виток противостояния.
А нынешний сезон заканчивается тем, что организована очередная атака на отдел Секретных Материалов. Завязка в шахматной партии игроков РФ и США. Убит российский игрок, но целью был именно американский игрок - маленький мальчик, гений, который, как выяснилось, является телепатом, и может читать мысли людей. Вместе с шахматной партией там же начинается и другая игровая партия: Малдер и Ко. Партия, в которой Малдер не сразу узнает игру Ко. В итоге отдел готовятся закрыть на официальном уровне в результате неоправдавшихся доказательств якобы безумных идей Фокса. В это же самое время все файлы в "подвальной резиденции" Малдера сжигает наведавшийся Курильщик, который оказывается жив. Мальчика с теплепатическими способностями, по сути вокруг которого и разыгрывает партию и за которым вела охоту Ко, в итоге выкрадывает Курильщик, а бывшую напарницу-тире-подружку Фокса, охранявшую этого мальчишку, подстреливает. Отдел фактически перестаёт существовать.
Заговорская линия мне никогда особенно не нравилась, я больше за необъяснимые расследования ратовать продолжаю. Некоторые расследования смотрела сквозь пальцы, ибо капец как страшно - привет от моей фобии кукол глазастых; некоторые в определённом смысле с юморком - вампирская тема наше всё; а некоторые Х-файлы так Х-файлы - самое оно))